1683年清朝派施琅攻克台灣後，清朝官員大多反對將台灣列入版圖，認為「日費天府金錢於無益，不若徙其人而空其地」，是施琅認為「台灣乃江浙閩粵四省之左護，台灣一地雖屬外島，實關四省之要害，棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圄」。並經過幾次上書力陳，清政府才勉強同意將台灣納入版圖，並於1684年設台灣府，隸屬福建省，駐兵一萬戍守。雖說清朝將台灣納入版圖，台灣府下設台灣、諸羅、鳳山三縣，但其實也只是將漢人開墾處納入版圖，並未將整個台灣島納入。

同時清政府又訂定《台灣編查流寓則例》，嚴禁人民私自渡台，必須是官務或商務才允許，而且不許攜家帶眷，已渡台者也不准接眷屬同住，如此等同於封禁台灣，直到1874年才廢止。其實清國領台兩百多年中(1683~1895)，大部分時間都把台灣隔開來。